父親為世界知名推理小說家的高中生名偵探——工藤新一，利用他那出類拔萃的推理能力，破解了無數起疑難案件。
然而有一天，當他和青梅竹馬的毛利蘭約會時，正巧目擊到了神秘黑衣男子的交易現場，因而被強行灌下毒藥，差一點慘遭殺人滅口。雖然勉強保住一條命，但是新一卻變成了小學一年級孩童的模樣。
於是，他便開始自稱為江戶川柯南，陸續解決發生在自身周遭的案件，深信能藉此掌握到與黑衣男子相關的線索。為了恢復自己原本工藤新一的身分，他一直對小蘭隱瞞真相……
【第100卷至第1069話】